在征收协议签订后，若发现涉案房屋被认定为违法建筑，需根据房屋性质认定时间点、当事人主观状态、协议履行情况等因素综合处理，核心在于平衡公共利益与相对人信赖利益。以下是具体处理步骤和法律依据：

一、关键问题定性

违建认定的时间点

签约前已存在违建事实：行政机关未尽调查义务即签约，存在过错;

签约后新认定为违建：需审查认定依据是否充分(如新证据、法律变更)。

当事人主观状态

征收方是否明知违建仍签约：若明知则可能构成默示认可合法性;

被征收方是否隐瞒违建：隐瞒可能构成欺诈，影响协议效力。

二、处理路径及法律依据

(一)协议效力认定

(二)补偿责任划分

不予补偿的法定情形

房屋全部属于违建且无任何合法手续;

被征收方存在恶意抢建、伪造证件等行为。

法律依据：《国有土地上房屋征收与补偿条例》第24条。

应予补偿的情形

部分违建：对合法面积仍须补偿;

历史原因形成的无证房：按当地政策补偿(如80%重置成新价);

行政机关过错导致违建未处置：承担过错责任，补偿实际损失。

参考案例：最高法(2018)最高法行再163号判决：因历史原因未办证的房屋，应参照合法建筑补偿。

三、行政机关操作流程

启动调查程序 委托规划部门出具违建认定书，明确违建范围、形成时间、原因。

书面告知并听证 向被征收方送达《违建认定告知书》，告知申辩权及听证权(程序正当性要求)。

协商变更或解除协议变更协议：扣除违建部分补偿款，保留合法部分补偿; 解除协议：书面通知解除，退还已支付补偿款中违建对应部分。

作出补偿决定 若协商不成，行政机关依职权作出书面补偿决定，明确： 违建部分不予补偿的依据; 合法部分的补偿方案; 救济途径告知(复议或诉讼期限)。

四、被征收方维权要点

举证重点

房屋来源合法性：如历史审批文件、长期居住证明、缴纳房产税凭证;

行政机关过错证据：签约时未提出异议的书面记录、测绘报告等;

实际损失证据：装修发票、搬迁费用凭证。

救济途径

行政复议/诉讼：针对违建认定书或补偿决定;

行政赔偿诉讼：若因行政机关过错导致损失扩大(如强拆造成物品损毁);

协议履行之诉：主张协议有效，要求继续履行(适用于部分合法情形)。

法律依据：《行政协议司法解释》第9条、第11条。

五、实务风险防范建议

对行政机关

签约前尽职调查：联合规划、住建部门核查房屋产权及违建情况;

协议中增设“违建条款”：如“若后续发现违建，补偿款按合法面积重新核算”。

对被征收方

主动申报房屋状况：避免被认定欺诈;

保留沟通证据：如录音、会议纪要，证明行政机关已知情。

典型案例参考

支持补偿案例（2019）最高法行申10145号：房屋因历史原因未办证，但长期作为合法经营场所，行政机关签约后以违建为由拒赔，法院判决按合法建筑补偿。

不予补偿案例（2020）鲁行终1234号：被征收人伪造房产证骗取补偿，协议被撤销，已付款项追回。

总结处理原则

“过错归责”原则：谁过错谁担责(行政机关未尽审查义务需补偿信赖利益);

“比例补偿”原则：对因历史原因形成的无证房，按比例或成本补偿;

“程序保障”原则：撤销或变更协议前必须履行告知、听证等程序。

提示：即使房屋被定性为违建，行政机关亦不得直接强拆，仍需依法作出《限期拆除决定》并履行强制程序(《行政强制法》第44条)。